Son muy costosas, por eso su uso está limitado a organismos militares, gubernamentales y empresas. Generalmente tienen aplicaciones científicas, especialmente simulaciones de la vida real.
Algunas supercomputadoras conocidas son Blue Gene, Seymour Cray, Deep Blue, Earth Simulator, MareNostrum, etc.
Los usos más comunes para las supercomputadoras son: predicción del clima, complejas animaciones 3D, cálculos de fluidos dinámicos, investigación nuclear, exploración petrolera, etc.
De las 500 supercomputadoras en el mundo, 376 emplean alguna versión de Linux como sistema operativo (según la edición 2007 del top 500 supercomputadoras del mundo).
los superordenadores más rápidos funcionan en aproximadamente más de 200 teraflops (que en la jerga de la computación significa que realiza ¡trillones de operaciones por segundo!).
¡Las supercomputadoras se utilizan para abordar problemas que son muy complejos o que son problemas muy complejos para tratar en del mundo físico verdadero bien sea porque son peligrosos, involucran cosas increíblemente pequeñas que en realidad son increíblemente grandes!
Mediante el uso de supercomputadoras, los investigadores modelan el clima futuro y el clima actual y predicen el clima futuro .
Los astrónomos y los científicos del espacio utilizan las supercomputadoras para estudiar al Sol y al clima espacial.
Los científicos usan supercomputadoras para simular de qué manera un tsunami podría afectar una determinada costa o ciudad.
Las supercomputadoras se utilizan para simular explosiones de supernovas en el espacio.
Las supercomputadoras se utilizan para probar la aerodinámica de los más recientes planos militares.
Las supercomputadoras se están utilizando para modelar cómo se doblan las proteínas y cómo ese plegamiento puede afectar a la gente que sufre la enfermedad de Alzheimer, la fibrosis enquistada y muchos tipos de cáncer.
Las supercomputadoras se utilizan para modelar explosiones nucleares, limitando la necesidad de verdaderas pruebas